7 lutego 2002 roku kilkunastu funkcjonariuszy Urzędu Ochrony Państwa na polecenie prokuratury zatrzymało prezesa PKN Orlen Andrzeja Modrzejewskiego. Zarządzana przez niego spółka paliwowa powstała w 1999 roku z połączenia sieci stacji benzynowych CPN i zakładów Petrochemii Płock. Zatrzymania dokonano w związku z zarzutami ujawnienia ówczesnemu szefowi PZU Życie Grzegorzowi Wieczerzakowi poufnej informacji.
Orlen kontroluje większość polskiego rynku paliwowego, zarówno dystrybucji jak i produkcji benzyny, oleju napędowego, oleju opałowego, paliwa lotniczego, tworzyw sztucznych i wszelkich wyrobów petrochemicznych. Ponadto, spółka posiada prawie dwa tysiące stacji benzynowych na terenie Polski, pięćset w Niemczech i trzysta pięćdziesiąt na obszarze Czech. Zysk netto koncernu w 2004 roku wyniósł 2 440 000 000 zł.
Choć zatrzymanego zwolniono już po kilkunastu godzinach, informacja o tym zdarzeniu trafiła do czołówek dzienników telewizyjnych. Następnego dnia, rada nadzorcza odwołała z pełnionej funkcji powiązanego z prawicą Modrzejewskiego. Dwa lata później Wiesław Kaczmarek, minister skarbu z ramienia SLD, udzielając wywiadu Gazecie Wyborczej oznajmił, iż zatrzymanie prezesa Orlenu dokonane zostało na polityczne zamówienie postkomunistycznych władz. Celem tego miała być eliminacja Modrzejewskiego ze stanowiska, co się powiodło, a tym samym zastopowanie kontraktu ze spółką J&S na dostawy ropy wartości 14 miliardów zł. Według niego taka decyzja rzekomo miała zapaść podczas spotkania premiera Leszka Millera, minister sprawiedliwości Barbary Piwnik, prokuratora krajowego Karola Napierskiego i szefa Urzędu Ochrony Państwa Zbigniewa Siemiątkowskiego. Doniesienie skutkowało wszczęciem postępowania przez katowicką prokuraturę oraz sejmową komisję ds. służb specjalnych. Parlamentarzyści potwierdzili naciski UOP-u na prokuraturę. Powołano sejmową komisję śledczą.
Po odwołaniu w lutym 2002 roku niewygodnego prezesa Orlenu, przeprowadzono korzystne dla mocodawców tej akcji zmiany personalne w zarządzie i radzie nadzorczej spółki. Stanowiska w większości objęli kandydaci związani z ówcześnie najbogatszym Polakiem Janem Kulczykiem (mniejszościowym akcjonariuszem) oraz z ministrem Kaczmarkiem. Nowy prezes Orlenu udał się do Moskwy, celem wytypowania nowego dostawcy ropy. Kontrakt na dostawę 3 milionów ton paliwa rocznie otrzymała zależna od koncernu Jukos spółka Petroval. Częściowo zachowana została jednak współpraca z J&S.
Tymczasem na spotkaniu rady gabinetowej padła propozycja sprzedaży Rafinerii Gdańskiej rosyjskiemu koncernowi naftowemu Łukoil. Jednocześnie wschodnia spółka planowała zakup akcji PKN Orlen należących do Kulczyka, co oznaczałoby możliwość przejęcia najważniejszego ogniwa polskiego rynku paliwowego. Ponadto, uzyskano by tą drogą pełną kontrolę nad Naftoportem – jedynym nierosyjskim portem na południowym wybrzeżu Bałtyku, który może przyjmować wielkie tankowce. Tym samym Rosjanie zmonopolizowaliby rynek.
Jeszcze przed zatrzymaniem Modrzejewskiego, zaprzyjaźniony z Kremlem Łukoil zadeklarował budowę na terenie Polski sieci 200 stacji benzynowych. Wcześniej Rosjanie przejęli rafinerie w Rumunii (Petrotel SA) i Bułgarii (Neftochim w Burgas). Dalsze plany inwestycyjne obejmowały przyłączenie ważnego węgierskiego przedsiębiorstwa paliwowego MOL, które w 2000 roku zakupiło pakiet 36,2% akcji słowackiej rafinerii i wiodącej firmy petrochemicznej Slovnaft a.s. Trzy lata później MOL posiadał już 70,02% akcji tego koncernu. Wschodni inwestor był gotowy wynagrodzić udział Kulczyka w tej energetycznej ekspansji, przepłacając za jego akcje Orlenu nawet o 700 milionów dolarów amerykańskich. Realizacja tych zamierzeń oznaczała niemal pełną kontrolę nad dostawami i obrotem paliwami płynnymi w Rumunii, Bułgarii, na Węgrzech, Słowacji i w Polsce, a więc faktycznie zmonopolizowanie całego pasa państw Europy Środkowej.
Zależny już wtedy od dostaw Jukosu MOL, natychmiast po wejściu na słowacki rynek, zerwał umowę z należącą do J&S spółką Apollo Interoil. Podobnie jak w Polsce, monopolizowała ona tamtejsze dostawy ropy. Początkowo, Jukos doskonale realizował politykę gospodarczą Rosji. Jednak nadmierne aspiracje polityczne właściciela spółki, wówczas najbogatszego Rosjanina Michaiła Chodorkowskiego, skutkowały jego osobistym konfliktem z prezydentem Władimirem Putinem. Jukos pozostawał też na rynku rosyjskim i Europy Środkowo-Wschodniej głównym konkurentem spolegliwego względem Kremla Łukoilu.
W atmosferze skandalu komandosi Specnazu zatrzymali Chodorkowskiego. Następnie magnat został oskarżony m.in. o nadużycia w czasie prywatyzacji. Jukos obciążono rzekomymi zaległościami podatkowymi wycenionymi na 27 miliardów dolarów. Jak ogłosił osobiście Putin, konkurencyjny Łukoil wpłaca na rzecz fiskusa jedynie 150 milionów dolarów rocznie i rozlicza się prawidłowo.
Jukos pozbawiono dużych kontraktów na dostawy ropy i paliw dla struktur wojskowych, nowym dostawcą został Łukoil. Wkrótce zlicytowano za bezcen należące do spółki drogocenne złoża naftowe. W ramach renacjonalizacji złóż naturalnych trafiły one do państwowego koncernu Rosnieft. Chodorkowskiego skazano na 8 lat kolonii karnej w Krasnokamieńsku w Syberii Wschodniej. Następnie, na wniosek głównych wierzycieli – rosyjskiego fiskusa i Rosnieftu, ogłoszono upadłość Jukosu. Pozycja rynkowa faworyzowanego i lojalnego koncernu został ugruntowana. W tym samym czasie Łukoil podjął nieudane próby przejęcia kluczowych podmiotów sektora paliwowego w Czechach, na Litwie, Chorwacji, Czarnogórze i Grecji. Sukces zapewniłby pełną hegemonię energetyczną nad całą Europą Środkową i Bałkanami. Stał temu na drodze Andrzej Modrzejewski, który planował konkurencyjną względem projektu Rosjan ekspansję Orlenu na Środkową Europę w sojuszu z węgierskim koncernem MOL bądź austriackim OMV.
W listopadzie 2002 roku premier Leszek Miller kategorycznie żądać miał ostatecznej sprzedaży Rafinerii Gdańskiej na rzecz brytyjskiego Rotch’a – spółki zależnej od Łukoila i z nim współpracującej. Po wyrażeniu sprzeciwu, odwołany zostaje minister Kaczmarek. Mimo tego, władze Nafty Polskiej, dysponujące akcjami rafinerii, odrzucają ofertę Rotch’a. Motywem takiej decyzji jest najprawdopodobniej przekazana przez służby specjalne informacja, iż Łukoil dąży do przejęcia polskiego rynku paliwowego i tym samym zniszczenia bezpieczeństwa energetycznego Polski.
18 lipca 2003 roku. Kulczyk, wraz z biznesmenami Andrzejem Kuną i Aleksandrem Żaglem (znajomymi Jeremiasza Barańskiego pseud. Baranina), udał się do Wiednia na spotkanie z Władimirem Ałganowem – rosyjskim szpiegiem i zaufanym człowiekiem prezydenta Władimira Putina. Podczas spotkania w restauracji Nikis ustalano plan dalszego działania. Kulczyk przekonywał stronę rosyjską o swych wpływach u „Pierwszego” i istniejących nadal możliwościach zrealizowania transakcji, w co Ałganow wątpi. Faktem jest, iż miliarder realnie władał wówczas Orlenem, choć posiadał pakiet mniejszościowy akcji koncernu. Po zakończeniu rozmów, szczegółowej relacji ze spotkania wysłuchali Miller i Siemiątkowski. Dodatkowo, kilka dni później, na ręce prezydenta, premiera, prokuratora generalnego i szefa ABW trafiła tajna notatka sporządzona przez cywilny wywiad zagraniczny (Agencję Wywiadu), dotycząca przebiegu wiedeńskiej konferencji.
Zgodnie z treścią notatki AW, Kulczyk powoływać miał się na pełnomocnictwa do prowadzenia negocjacji w sprawie sprzedaży koncernu naftowego, wydane przez wspomnianego „Pierwszego”. Agencja Wywiadu wskazała, iż chodzi tu o Aleksandra Kwaśniewskiego. Działanie takie byłoby jednak znacznym przekroczeniem kompetencji głowy państwa. Mimo tego, Kwaśniewski wówczas nie protestował, ani nie wyciągnął żadnych konsekwencji względem Kulczyka.
19 marca 2004 roku. Minister skarbu Zbigniew Kaniewski przedstawił w Sejmie program, zakładający połączenie Rafinerii Gdańskiej z PKN Orlen, a następnie odsprzedanie akcji Nafty Polskiej niezależnemu inwestorowi strategicznemu. Bliska perspektywa przejęcia sektora paliwowego skłonić miała Kaczmarka do ujawnienia kulis zatrzymania Modrzejewskiego. Działania sejmowej komisji śledczej ujawniły patologie polityczno-biznesowego układu wspieranego przez oficerów służb specjalnych. O stałą współpracę krzywdzącą interesy Rzeczypospolitej obwiniono wiele znanych osobistości, w tym Kwaśniewskiego, Kulczyka i Millera. Zarzuty obejmowały usiłowanie przekazania, w imię prywatnych interesów, polskiego sektora paliwowego w ręce rosyjskich podmiotów. Działanie to pozostawało w sprzeczności z interesem politycznym i finansowym państwa oraz obywateli, skutkować mogło utratą kontroli nad dziedziną strategiczną dla polskiej gospodarki.
Monopolizacja sektora stanowiła bezpośrednie zagrożenie dla bezpieczeństwa energetycznego kraju. Pojawiły się podejrzenia o łapownictwo. Dodatkowo, nagłośniono powszechny na terenie Polski proceder oszustw w detalicznym i hurtowym obrocie paliwami płynnymi oraz działalność zorganizowanej przestępczości syndykatów paliwowych, tzw. mafii paliwowej. Przeciw pracom komisji śledczej mocno protestowali posłowie Sojuszu Lewicy Demokratycznej, z udziału w jej pracach zrezygnowali także politycy reprezentującą tą partię. Pojawiły się groźby pod adresem dociekliwych parlamentarzystów z partii prawicowych. Doszło do napaści na prokuratora wezwanego do złożenia zeznań, a także do kradzieży komputera Kaczmarka. Dysk twardy zawierać miał materiały dotyczące sprawy. Przewodniczący komisji, poseł PSL Józef Gruszka, doznał nagłego wylewu krwi do mózgu. Przez wiele dni pozostawał w śpiączce. Podejrzewano zbrodnicze otrucie polityka, lecz badania miały wykluczyć taką możliwość.
Przed komisją śledczą przesłuchano wiele znanych osobistości, m.in. żonę prezydenta RP Jolantę Kwaśniewską, Marka Belkę i kandydata na prezydenta Włodzimierza Cimoszewicza. Zeznania tego ostatniego stały się bezpośrednią przyczyną skandalu politycznego i oskarżeń o nielegalny obrót akcjami. W związku z tym Cimoszewicz zrezygnował z ubiegania się o najwyższy urząd w państwie. Natomiast Aleksander Kwaśniewski odmówił stawienia się przed komisją i wytłumaczenia powstałych w toku jej prac wątpliwości, w tym tych skutkujących oskarżaniem go na łamach prasy o zaangażowanie w szkodliwy dla Polski lobbing na rzecz Rosjan.
W 2006 roku Andrzej Modrzejewski i Grzegorz Wieczerzak zostali uniewinnieni w sprawie stanowiącej podstawę spektakularnego zatrzymania Modrzejewskiego a następnie usunięcia go ze stanowiska szefa PKN Orlen. W 2013 roku prawomocnym wyrokiem Sądu Apelacyjnego w Warszawie skazani za tę akcję zostali były szef UOP-u Zbigniew Siemiątkowski i były szef zarządu śledczego UOP-u płk Ryszard Bieszyński.
Karę roku więzienia w zawieszeniu na 3 lata sąd wymierzył Siemiątkowskiemu za wydanie drogą służbową polecenia doprowadzenia do zatrzymania Modrzejewskiego, natomiast Bieszyński został skazany na karę 10 miesięcy pozbawienia wolności również w zawieszeniu na 3 lata za to, że będąc szefem zarządu śledczego Urzędu Ochrony Państwa nakłonił prokuraturę do wydania nakazu zatrzymania Andrzeja Modrzejewskiego, wykorzystując do tego celu sprawę zupełnie niezwiązaną z jego działalnością w Orlenie, co w ocenie sądu było pozaprawnym wykorzystaniem tego śledztwa. Z uzasadnienia ustnego wyroku:
„Argumenty oskarżonych, że działali dla bezpieczeństwa państwa, nie mają pokrycia w faktach i są jedynie linią ich obrony, której sąd nie zaakceptował. […] Do dziś nie ma dowodów ani poszlak, że umowa z J&S mogła narażać na szwank bezpieczeństwo energetyczne naszego kraju. A nawet jeśli oskarżeni mieli takie subiektywne przeświadczenie, to powinni byli postawić Andrzejowi Modrzejewskiemu zarzut nieprawidłowości w handlu paliwami i zatrzymać go w takiej sprawie, a nie wykorzystywać do tego inne śledztwo. […] Spisek i intryga to nie są w tej sprawie słowa na wyrost. [...] Oskarżeni, zasłaniając się bezpieczeństwem państwa, wiedząc, że Andrzej Modrzejewski nie jest o nic podejrzewany w sprawie związanej z dostawami paliw, wykorzystali inną sprawę, by go zatrzymać. Cel wyznaczony na porannym spotkaniu w kancelarii premiera został skrupulatnie zrealizowany. […] To wstydliwe dla naszego państwa, że prokuratorzy nie dali odporu żądaniom UOP. Ani w Prokuraturze Krajowej, ani w apelacyjnej, ani w okręgowej nie znalazł się choć jeden sprawiedliwy, który oceniłby sprawę fachowo. Wręcz wstydliwe jest, że jeden z prokuratorów powiedział: "tyle co możemy zrobić dla UOP, to zatrzymać Modrzejewskiego, a wniosku o jego areszt nie skierujemy". Takie wypowiedzi rzutują na ocenę całego wymiaru sprawiedliwości.”
Nie wyjaśniono dostatecznie innych wątków afery Orlenu.
Kazimierz Turaliński
